Oczyszczalnią zarządza Kierownik Oczyszczalni, zatrudniony przez Wójta Gminy Lyski na podstawie umowy o pracę.

Kierownik Oczyszczalni działa zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa i niniejszego statutu, podejmuje samodzielnie decyzje z zachowaniem kompetencji innych organów i ponosi odpowiedzialność za całokształt jej działalności, a także za ścisłe przestrzeganie dyscypliny budżetowej.

Do jego zadań należy:
1) organizacja i nadzór nad funkcjonowaniem Oczyszczalni;
2) wykonanie zadań powierzonych przez organ prowadzący;
3) wykonywanie funkcji służbowego zwierzchnika wobec wszystkich pracowników Oczyszczalni;
4) reprezentowanie Oczyszczalni na zewnątrz.